En el estado de Querétaro se ha determinado la presencia de 18 diferentes tipos de asociaciones vegetales, de acuerdo con la clasificación de la Comisión Técnica Consultiva para Coeficientes de Agostadero. Sus características son las siguientes:
Selva baja caducifolia (Monte caliente)
Este tipo de vegetación está distribuida en el Norte del estado, Centro y Occidente, en los municipios de Jalpan de Serra, Arroyo Seco, Cadereyta, Landa de Matamoros, Pinal de Amoles, Tolimán, Colón, San Juan del Río y San Joaquín.
Bosque caducifolio (Somerial)
Se encuentra en pequeña proporción en los municipios de Jalpan de Serra y Landa de Matamoros.
Bosque linearifolio (Bosque de oyamel)
Se desarrolla en las partes más elevadas de las serranías del pinal de El Zamorano (entre los 2 800 msnm y más de 3 000 msnm) en los municipios de El Marqués y Colón.
Bosque aciculifolio (Pinares)
Se encuentra en los municipios de Cadereyta de Montes, Pinal de Amoles, Jalpan de Serra, San Joaquín y Landa de Matamoros, principalmente.
Bosque aciculoesclerófilo (Bosque de pino y encino)
Se localiza en cerriles y laderas de la sierra de El Zamorano y en la región de El Lobo, parte opuesta de la Sierra Madre Oriental. Específicamente se halla esta asociación vegetal en los municipios de El Marqués, Peñamiller, Colón, Tolimán, Landa de Matamoros y Jalpan de Serra.
Bosque esclerófilo caducifolio (Encinar)
Se localiza en los municipios de Amealco de Bonfil, Landa de Matamoros, El Marqués, Arroyo Seco, Pinal de Amoles, Huimilpan, Querétaro, Jalpan de Serra, San Joaquín, Pedro Escobedo, Cadereyta de Montes y Peñamiller, en el rango de altitud de 1 600 a 2 800 msnm.
Bosque escuamifolio (Bosque de enebro y cedro)
Se presenta este bosque en los municipios de Pinal de Amoles, Landa de Matamoros, San Joaquín y Cadereyta de Montes, en altitudes que van de los 1 390 a 2 500 msnm, en sitios denominados como lomeríos bajos, cerriles y escarpas con pendientes que van de 6° a 40°.
Bosque caducifolio espinoso (Mezquital)
Actualmente son muy escasas las áreas que tienen bosque virgen de mezquite, dado que se asienta en suelos ideales para agricultura. Se localiza principalmente en los municipios de Pedro Escobedo, San Juan del Río, Cadereyta de Montes, Tequisquiapan, Querétaro, Colón, Ezequiel Montes, El Marqués y Corregidora.
Pastizal mediano abierto (Zacatal)
La mayor extensión de este tipo de vegetación se localiza en el Sur y, en menor proporción, en el Centro. Se encuentra en los municipios de San Juan del Río, Tequisquiapan, Corregidora, Huimilpan, Amealco de Bonfil, Cadereyta de Montes y Pedro Escobedo.
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